いつもお世話になっております。
メタセコでは共有していたＵＶの頂点が、Maya7ではバラバラに分離されて読まれてしまっているようです。

　今までローポリしか出力してなかったので気にしていませんでしたが、ハイポリの場合、ＵＶをアイランド選択（メタセコでいうＵＶをCtrl+Shift+クリックすると共有頂点で繋がったＵＶが選択出来る機能）出来ないと、その後のＵＶ編集（共有すべき箇所とそうしたくない箇所をメタセコ上と同じ状態に頂点共有し直す）が大変な状況が増えてしまいましたで、メタセコ上のテクスチャＵＶが同じ構成で出力されると非常に助かります（泣

すみませんが、修正可能でしたら是非とも宜しくお願いします。

現状のエクスポーターでは面ごとにUVを出力しているので、
おっしゃる通りの現象が発生します。

エクスポーターの1.2.4（beta）で対処コードを入れてみました。
もしよろしければ、お試しください。
http://www.horsetail.sakura.ne.jp/mqplugin/fbxexporter_1_2_4_beta.zip
また、1.1.x系を使用しているようですが、
1.2.4(beta)で出力した後、FBXConverterでバージョンを下げると確認できるかもしれません。
FBX Converterのダウンロード先：
http://www.autodesk.co.jp/adsk/servlet/pc/item?siteID=1169823&id=15031096

バージョン1.2.4で修正してみました。

いつもお世話になっております。
ローカル軸のコンバートの件も含め、こちらの対応も有り難うございます！

早速、明日にでも試してみます。

すみません、1.2.4では共有頂点のUVが正しく出力できていませんでした。
1.2.5で修正しました。

1.2.5にて確認いたしましたところ、無事頂点が共有されておりましたので、ご報告まで。
ありがとうございました！