ＭＡＹＡではTransparencyの０（デフォルト）の値は不透明状態を表してますが、ＭＡＹＡで作成したＦＢＸをメタセコでインポートしたところ、逆に完全透明として表示されてしまうようです。

ＭＡＹＡでシェーディングをlambertで出力しても、メタセコでは材質名だけlambertで、シェーダーはphongとして表示されてしまうようです。

バグ報告ありがとうございます。
phongとlambertの件了解しました。
直しておきます。

バグ報告ありがとうございます。

マテリアルのTransparencyのことですよね。
一応、現在持っているMayaからエクスポートしたFBXデータでは問題は起こっていないようです。
ですが、MayaのTransparencyはカラー×Factorのようになっているので、
それが影響しているのかもしれません。
インポーターではFactorのほうしか見ていないのが問題かもしれません。

ちなみに、すべてのMayaデータで問題が起こるのでしょうか？

調査してみます。

原因が大体わかりました。

FBXでは透明度の入出力に、カラー×係数というふうにあらわしているのですが、
今まで係数しか見ていなかったのが問題だったようです。
Maya、XSI、MaxからエクスポートしたFBXを調査したところ、
・Maya
　カラー：あり
　係数：1固定
・XSI
　カラー：あり
　係数：1固定※変動させることも可
・Max
　カラー：なし（R:1.0,G:1.0,B:1.0）固定
　係数：あり
となっているようです。
今回、透明度が逆転してしまったのは係数が0になってしまったためと思われます。
Mayaでもどこかの値を変更すると係数が変わるのかもしれません。

インポーター、エクスポーターともに修正しなければならないようです。
修正版をお待ちください。

よろしくお願いいたします。

Maya、XSI、Maxの３大ソフトでデバッグは大変だったと思われますが、原因がわかって何よりです。
とりあえず、お疲れ様でした。

・インポート、エクスポート時のマテリアル透明度の件
・インポート時にPhong、Lambertを判定していない件
を修正しました。
ご確認ください。

マテリアルのシェーダの判定ですが、今のところPhongかLambertでしか判定できません。
FBXのマテリアルの場合、マテリアルとしてはこの二つしかないためです。

透明度の件ですが、この修正でもまだおかしいようでしたら、
再度のご連絡をよろしくお願いいたします。

いつも、ご苦労様です。
マテリアル透明度の件は問題なさそうです。

あとは、入出力時のLambert設定が上手く持っていけてない状況です。

現状、ＭＡＹＡ7でプリミティブにマテリアル（アトリビュートでシェーダーをLambert)を割り当てて出力する方法（メタセコからも、同様のやり方）で仕事の合間に試してましたが、読み込んでみると何故かPhongになってしまうようです。

とりあえず、御報告まで。

ご報告ありがとうございます。

こちらで確認したものは問題ありませんでした。
Maya上でのマテリアルのつけ方ですが、
・Lambert
　デフォルトのマテリアル
・Phong
　「Assign new Material」でPhongを選択
でした。
一応、メタセコイアから、Phong、Lambertを設定したものをエクスポートし、
そのファイルをインポートしてみましたが問題はありませんでした。

もしかすると、使用しているMayaのプラグイン環境によるのかもしれません。
こちらの試した環境は、
Maya8.0
FBX 2006.11.1 Plug-ins
※Maya8.0にデフォルトでついているプラグインではなく
　Autodeskから最新のものをダウンロードしました。
です。

FBXの古いSDK(2005.6)を調べてみたところ、
マテリアルの扱いが現在とは違うようです。
現在のマテリアルはPhongとLambertというのが別にあるのですが、
昔のものはマテリアルとしかなく、シェーディング名を設定するようになっていたようです。
最新のSDKでもシェーディング名を設定することは出来るようですが、
どうも将来的にサポートされるかわからないようです。
もし、シェーディング名で判定する場合、
各ソフトがシェーディング名にどのような名前を設定するか確認の作業が必要となります。

こちらでも、Maya7でのエクスポートを試してみます。
また、Maya7のFBXプラグインも2006.11.1というものがあります。
もしかすると、そちらでエクスポートすると問題は発生しないのかもしれません。

お世話になっております。

御教授のとおり、ＭＡＹＡのＦＢＸで最新版を入れてなかったのが問題でした。
お手数掛けて申し訳ありませんでした。

ご報告ありがとうございます。
うまくいったとのことで良かったです。

こちらもどのようなShadingMode名が取得できるか少し調べてみました。
・Maya7（デフォルトプラグイン）
　Phongで出力
　※調べたものは下と同じ
・Maya8（2006.11.1プラグイン）
　Phong→Phong
　Blinn→Phong
　Lambert→Lambert
　Layerd→Lambert
　Ramp→Lambert
　PhongE→Lambert
・Max9（デフォルトプラグイン）
　フォン→Phong
　ブリン→Phong
　メタル→Unkwon
　※処理できないマテリアルでした
　　処理できないマテリアルの場合マテリアル無しでインポートします
・XSI6.01
　Phongで出力
　調べたものは、Blinn、Phong、Lambert、Const

このようにFBXが出力されるため、
たとえMaya7からエクスポートしMaya7にインポートする
というような場合でもPhongになってしまうようです。